استقال مجموعة من العلماء، أمثال محمد سليم العوا , محمد هيثم الخياط , الشيخ أحمد بن بيه , أحمد الريسوني , والشيخ أحمد الخليلي، من الاتحاد العالمي لعلماء المسلمين.

وكانت هيئة كبار العلماء بالمملكة قد حذرت جموع المسلمين من هذه الاتحادات لكونه ينطلق من أفكار حزبية ضيقة, ويقدم مصلحة حركته على مصلحته الإسلام والمسلمين، إضافة لإثارته الفتن في بعض الدول الإسلامية والعربية على وجه الخصوص.

وفندت هيئة كبار العلماء، ادعاءات الاتحاد حول تمثيله للمسلمين بكافة مذاهبهم وأطيافهم, وأنه لا يعادي الحكومة ولا ينحاز لحزب, وكونه مؤسسة مستقلة لا تتبع دولة ولا جماعة ولا طائفة , وذلك من خلال كشفهم لما يصدر عن هذه الاتحادات, مؤكدين تحيزه وتبنيه لأفكار غريبة على الإجماع الإسلامي.